Pierwszą wzmiankę o szkole parafialnej w Zebrzydowicach spotykamy w tzw. Crectio Originalis z roku 1599. Szkoła musiała już jednak istnieć dawniej, gdyż w akcie tym nie ma mowy o nowej szkole, ale mówi się o niej jako o już istniejącej.
Podczas sporu między proboszczem, a fundatorem w r. 1610 w sprawie szpitala (Konwent), zeznawał jako świadek ówczesny rektor szkoły parafialnej, organista, który w zeznaniach zaznaczał, że już 50 lat pełnił funkcję rektora szkoły, a zatem szkoła parafialna istniała już w r. 1560, a możliwe, że mogła istnieć już wcześniej. Akt erekcyjny wylicza, jakie uposażenie należy się organiście za pracę przy kościele i za prowadzenie szkoły parafialnej, która mieściła się wówczas w starym budynku należącym do parafii. Erekcja nazywa organistę rektorem szkoły, a szkoła nosi nazwę trywialnej. Przez dwa następne wieki znajdujemy w dokumentach ślady istnienia tej szkoły, ale szczegółowych danych z tego okresu nie ma, poza przypomnieniem, że organista ma obowiązek prowadzić szkołę parafialną i informacją, jakie ma za to otrzymać wynagrodzenie.
Taki stan trwał do połowy XIX, wieku do czasu ożywionego rozwoju szkolnictwa na naszych ziemiach. Szkoła parafialna zaczęła wówczas przeżywać pewne kłopoty. Do uposażenia organisty i rektora szkoły parafialnej należały dochody z parafii i pewne należności od OO. Bonifratrów, gdyż organista parafialny był także organistą konwenckim. W 1861 roku ojcowie wypowiedzieli pracę organiście i wstrzymali wypłacanie należności; spór na ten temat trwał 3 lata i zakończył się wygraną Konwentu.
W latach następnych powiatowe władze szkolne starają się usunąć organistę od funkcji nauczycielskich, ale jeszcze przez jakiś czas prowadzi on szkołę parafialną. Dopiero zarządzenie władz w 1887 roku definitywnie zakazuje miejscowym organistom pełnienia funkcji w szkole. Wpływ kościoła na szkołę utrzymuje się jednak nadal. Władze szkolne podtrzymują autorytet Kościoła w szkole. Przypominają kierownikom, że przed końcem roku szkolnego, który kończył się popisami artystycznymi uczniów, należy porozumieć się z proboszczem, aby młodzież szkolna mogła przedtem wziąć udział w nabożeństwie kościelnym. W tym okresie wprowadzono urząd Inspektora Szkolnego, który sprawował nadzór nad poszczególnymi szkołami. Z reguły urząd ten powierzano miejscowym proboszczom. Na końcoworoczne popisy uczniów wyznaczano tzw. delegatów, którzy mieli nadzorować całą uroczystość, a nawet odpytywać dzieci. Najczęściej byli nimi również miejscowi proboszczowie;dopiero w czasie I wojny światowej odsuwano ich od tych funkcji.
W 1893 roku wybudowano nowy budynek szkolny w Zebrzydowicach, na lewym brzegu rzeki Cedron, naprzeciw kościoła parafialnego. Budynek ten stoi do dnia dzisiejszego i służy obecnie jako mieszkanie dla nauczycieli. Po II wojnie światowej, w 1945 roku z powodu ciasnoty w budynku szkolnym powrócono do starej sali szkolnej ,,na organistówce". Korzystano z niej do chwili wybudowania nowej szkoły. Do roku 1868 była na tutejszym terenie tylko jedna szkoła, w Zebrzydowicach. W tym jednak roku otwarto także szkołę w Brodach, przeznaczając na ten cel budynek prywatny. W 1890 roku powstaje szkoła w Kalwarii Zebrzydowskiej, w r. 1909 na Bugaju, a w 1910 w Stanisławiu Dolnym. W 1907 roku podniesiono stopień organizacyjny szkół: w Zebrzydowicach z 2-klasowej na 4-klasową, w Brodach tak samo, w Kalwarii z 4-klasowej na 5-klasową. Początkowo uczęszczanie do szkoły było dobrowolne, a mimo to frekwencja dzieci była duża. Obowiązek edukacji szkolnej wprowadzono dopiero w 1878 roku.
W 1874 r. Rada Szkolna Miejscowa wystawiła tutejszemu nauczycielowi p. Janowi Gołębiowi - świadectwo moralności. Otrzymał on bowiem dekret na posadę w Żywcu , a do Zebrzydowic przeznaczono Izydora Pieńkowskiego . W 1885 r. zastępcą szkoły w Zebrzydowicach mianowany był Józef Patosz. Drugim nauczycielem w Zebrzydowicach (1891 r.) mianowano Michała Palę. Nadetatowymi nauczycielkami w tym okresie były: Bolesława Kędzierzańska i Helena Kowalska.
Od tego okresu, aż do roku 1960 urywają się zapiski w kronice szkolnej. Na przełomie lat sześćdziesiątych rozpoczęto budowę obecnej szkoły. Powołano Komitet Budowy Szkoły pod przewodnictwem S. Gadochy. W pracach budowlanych czynny udział brali mieszkańcy wsi, odpracowując godziny w czynie społecznym. 31 XII 1962 r. Szkoła Podstawowa została oddana do użytku. 2 VI 1969 roku Kuratorium Okręgowe nadało szkole imię Marii Konopnickiej, a 6 V 1989 r. szkoła otrzymała sztandar.